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Des caractères anatomiques de Vertébrés sont qualifiés d'homologues lorsqu'ils :

accomplissent forcément la même fonction.
sont hérités d'un ancêtre commun.
dérivent d'une même structure embryologique.
ont la même forme sans forcement avoir la même fonction.

Au sein d'un groupe d'êtres vivants, un caractère est qualifié de dérivé :

lorsqu'il n'est pas présent à l'extérieur de ce groupe.
lorsqu'il est apparu récement.
lorsqu'il dérive d'une structure commune à d'autre groupes d'êtres vivants.
lorsqu'il dérive d'une structure forcement moins performante.

L'ancêtre commun à différents Vertébrés appartenant au taxon des mammifères :

est obligatoirement un mammifère.
présente l'ensemble des caratères dérivés communs aux différents groupes.
se place sur un noeud de l'arbre en amont du Taxon des Mammifères.
possède des caractères primitifs encore présents dans certains groupes et évolués dans d'autres groupes de mammifères.

Un groupe monophylétique :

est un ensemble d'individus ayant un mode de vie strictement identique.
regroupe des êtres vivants ayant de nombreuses analogies comme le dauphin et le requin.
rassemble des individus ayant un ancêtre commun hypothétique.
s'appuie sur le partage de caractères homologues à l'état dérivé.

La vie embryonnaire peut fournir des renseignements sur l'évolution car :

les phases de developpement peuvent présenter des homologies.
tous les animaux ont le même developpement embryonnaire.
les embryons actuels sont identiques à ceux des animaux disparus.
l'ontogenèse (développement embryonnaire) retrace les grandes étapes de l'évolution de l'espèce observée.

La classification phylogénétique repose sur :

la comparaison de caractères homologues à l'état dérivé.
la comparaison de caractères homologues à l'état ancestral.
le regroupement d'êtres vivants partageant des analogies de caractères.
le regroupement d'êtres vivants partageant des homologies de caractères.

On peut établir un arbre phylogénétique :

en recherchant l'origine des caractères dérivés.
en utilisant la notion de partage de caractères hoùmologues.
en disposant toujours les êtres vivants les plus simples avant les plus perfectionnés.
en confrontant les données anatomiques, embryologiques et moléculaires.

Les innovations dans l'ADN des êtres vivants :

sont des évenements rares donc plus le nombre de différences est élevé, plus il a fallu de temps.
surviennent régulièrement pour permettre l'adaptation à l'environnement.
surviennent aléatoirement donc on applique le principe de parcimonie dans la construction d'un arbre phylogénétique.
ou attributs, se placent entre deux noeuds de l'arbre de parenté ou entre l'ancêtre commun et l'animal qui lui a succédé.

L'obtention d'arbres phylogénétiques différents en fonction de la méthode utilisée :

rend impossible la réalisation d'une classification phylogénétique pour ces espèces étudiées.
impose de travailler systématiquement avec la méthode moléculaire uniquement.
est un fait rare qui remet en cause les classifications phylogénétiques en général.
nécessite l'utilisation de nouvelles données moléculaires ou d'éléments anatomiques ou embryologiques nouveaux pour trancher.